עולם הנגיפים עם הערות. ציון- 95

מוסד לימוד
סוג העבודה
מספר ממ"ן 16
מקצוע
קורס
שנת הגשה 2019
מספר מילים 2098
מספר מקורות 4

תקציר העבודה

שאלה 1 : א. חוקר דגם 0.1 מ"ל מתמיסת פאז מקורית וערך סדרת מהולים עשרוניים על ידי העברת 0.1מ"ל לתוך 0.9 מ"ל בופר מהול . לאחר מכן הוסף 0.1 מ"ל תרחיף חיידקים ונערכה זריעה של כל תכולת המבחנה על מצע מזון לגידול חיידקים. ממהול עשרוני 1 ל:10000 התקבלו מספרי פלקים : 102,125,133 חשב את ריכוז הפאז למ"ל בתמיסה המקורית. ב. ציינו שני גורמים היכולים לגרום לשונות במספר פלקים המתקבלים בניסוי טיטרציה שכזה . שאלה 2 : א. איזה אפקט ציטופתי נחוץ על מנת שנוכל לכייל בדרך דומה נגיף אנימלי . ב. כאשר כיילו מספר גנומים של נגיף אנימלי שהשתחררו לנוזל תרבית תאים באמצעות PCR התקבל ערך גבוהה פי 100 מכייל הנגיף ביחידות יוצרות מוקדים מאותו נוזל תרבית .על מה מעיד ממצא זה ? שאלה 3 : הצע יישום אפשרי לכיול נגיף בשיטת הפלקים לצרכי מחקר או רפואה . שאלה 4 : א. שיטת PCR היא שיטה רגישה ביותר מאחר ועוצמת ההגברה גבוהה ביותר. עובדה זו מהווה יתרון מכיוון שזקוקים למעט מאד חומר ביולוגי כדי לבצע את הבדיקה אולם רגישות זו יכולה להוות גם חיסרון. רשום מה יכול להיות החיסרון הנובע מהרגישות הגבוהה של השיטה ? ב. תאר אמצעי זהירות שניתן לנקוט על מנת להימנע ככל האפשר מהחיסרון שציינת . שאלה 5 :א. איזה מדד מאפשר לקבוע שהתוצר שהתקבל הנו תוצר אמתי ולא העצמה של רצף לא רלוונטי . ב. מה תפקידם של המרכיבים ברומופנול בלו ואתידיום ברומיד בהפרדה אלקטרופורטית של תוצרי PCR בג'ל . ג. מדוע אין צורך בגלאי פלואורסצנטי או רדיואקטיבי כדי לזהות את התוצר . שאלה 6 :א. תאר את העיקרון של טכנולוגית טקמן לבצוע real-time PCR . ב. תאר שני יתרונות שיש ל- real-time PCR על פני PCR רגיל . ג. סעיף בונוס (5 נקודות) באיזה מצב בשיטת טקמן יכולה להתקבל תוצאה שלילית שגוייה ( העדר פלאורסצנציה ) למרות שלמעשה האנזים שכפל את מולקולות התבנית וקיים תוצר DNA ד. ציינו במה שונה תגובת reverse transcriptase based PCR מתגובת PCR רגילה
ה. כאשר דגימת חולה שלילית לכל הנגיפים שנבדקים באופן רוטיני בשיטת real time PCR אפשר לפנות לרצוף הדגימה בשיטת NGS . תארו הבדל עקרוני בין שיטת הרצוף הרגילה לבין שיטות הרצוף המתקדמות והסבירו מדוע שיטת NGS יכולה לעזור בגילוי הגורם למחלה במקום בו השיטה הקונבנציונלית של RT-PCR נכשלה . ו. הסבירו מה היתרון ברצוף נגיף בשיטת NGS על פני רצוף בשיטת סנגר כאשר מחפשים עמידות של נגיף לתרופות. שאלה 7 : . א. מהו היתרון העיקרי בשימוש בקיט מהיר המבוסס על מקלון בדיקה . ב. איזה מרכיב של נגיף מזוהה באמצעות מקלון זה . ג. מהו החיסרון בשימוש בקיט מסוג זה. שאלה 8 : תאר את תוצאות ההדבקה של צמח הטבק N. glutinosa בנגיף TMV. האם אכן התרחשה הדבקה של הצמח בנגיף? אילו בקורות ערכת לניסוי זה וכיצד עזרו לך הביקורות להסיק האם אכן התרחשה הדבקה ( ראה תמונה של עלה מודבק הנמצא באתר בלשונית חומרים למפגש מעבדה) . שאלה 9 : כיצד אפשר לקבל הדבקה מערכתית של טבק ממין עמיד ומהו מנגנון הפעולה (בקווים כלליים) של תוצר הגן המקנה עמידות נגד נגיף TMV של צמחי הטבק (ראה מצגת בנושא זה באתר בלשונית חומרים למפגש מעבדה. שאלה 10 : איזה מידע אודות נגיף השפעת ניתן להשיג באמצעות שיטת עיכוב המאגלוטינציה. כאשר משתמשים בנוגדנים שונים . סעיף בונוס של 5 נקודות נוספות : כיצד תתבטא ,במבחן עיכוב המאגלוטינציה, הופעה של נגיף מזן חדש לגמרי ?
שאלה 11 : במעבדה וירולוגית נבדק סרום של חולה לנוכחות נוגדנים כנגד נגיף שפעת בשיטת עיכוב המאגלוטינציה ונמצא כי בבאר שמספרה הסידורי 6 אפשר כבר היה להבחין בהמאגלוטינציה . הסרום נמהל במהולים כפולים על ידי העברת 25 מיקרוליטר סרום לתוך 25 מיקרוליטר בופר והעברת נפח של 25 מיקרוליטר מבאר לבאר . חשב כמה נוגדן ביחידות של עיכוב המאגלוטינציה היו ב-1 מ"ל של הסרום המקורי . שאלה 12 : כעבור כ-10 ימים התברר כי עובד המעבדה איבד את הדף בו רוכזו התשובות ולא רצה לסמוך על זכרונו במתן התשובות ולכן ביקש כי ישלחו לו דגימת דם נוספת מאותו חולה. הפעם גם במבחנה מספר 8 עדיין לא נצפתה המאגלוטינציה. העובד חשש אולי בדיקתו לא מהימנה מספיק ולכן התקבלה תוצאה שונה בבדיקה החוזרת . הרופאה ששמעה על נסיבות המקרה הציעה הסבר אחר לשוני שהתקבל בתוצאות שתי הבדיקות . מה לדעתכם היה הסברה של הרופאה? שאלה 13 :מגפת שפעת התפרצה בצפון הארץ ודגימות מחולים נשלחו למעבדה. לאחר שזיהו את הנגיף כשייך לקבוצה A הוחלט למפות את סוג ההמאגלוטינין. נסיוב אנטי המאגלוטינין מסוג 1H-anti עיכב את ההמאגלוטינציה של הנגיף שבודד מדגימה שנלקחה מחולה עד למיהול 1:256 בעוד שנסיוב מסוג -H3anti עיכב את ההמאגלוטינציה עד למיהול 1:8 בלבד . על סמך נתונים אלו מהו לדעתכם סוג ההמאגלוטינין של הנגיף מאותו חולה ? שאלה 14 : במעבדה נפגשת עם שיטות שונות לזיהוי נוגדנים כנגד נגיפים . תאר עיקרון של שתי שיטות שונות לזיהוי נוגדנים בסרום של חולים . שאלה 15 : אילו שני ממצאים סרולוגיים יכולים לאשר מחלה נגיפית עכשווית איזה ממצא סרולוגי יכולים רק לאשר חשיפה לנגיף בעבר . שאלה 16 : מדוע חשוב לוודא שאשה הרה אינה חולה במחלה נגיפית הנגרמת מנגיף ציטומגלו ווירוס או מנגיף אדמת.
שאלה 17 : תארו שני אפקטים ציטופתים שראיתם במהלך המעבדה והסבירו כיצד נגרם האפקט . (באתר ישנה מצגת העוסקת גם באפקטים ציטופתים) שאלה 18 : א. תאר את העיקרון של קביעת נוכחות נוגדנים בשיטה זו . ב. האם נוגדנים שמיועדים כלפי חלבון נגיפי פנימי יכולים להשפיע במבחן זה? ג. מה תהייה ההשפעה של שימוש בכמות נגיף גבוהה פי 10 מהנדרש על ההערכה הכמותית של הנוגדנים ? שאלה 19 : בתבחין IFA שבצעתם לצורך זיהוי נוגדנים כנגד נגיף הווריצלה השתמשתם בסלייד מסחרי עליו קובעו תאים מודבקים בנגיף בתערובת עם תאים לא מודבקים . א. מדוע יש צורך בנוכחות תאים לא מודבקים על גבי הסלייד? ב. המבחן שבצענו היה איכותי כלומר אפשר להראות נוכחות או העדר של נוגדנים . כיצד ניתן להפכו למבחן כמותי דהיינו מבחן שיאפשר להעריך טיטר של נוגדנים ומה תהייה הגדרת יחידה אחת של נוגדן במבחן שכזה . שאלה 20 :
המשרד לאיכות הסביבה מעוניין לברר האם יתושים בארץ נדבקו בנגיף זיקה . רצף הRNA- של גנום הנגיף ידוע כיום. קבלת מספר יתושים ( מתים) לבדיקה .תאר בקצרה כיצד היית פועל על מנת לאמת או לשלול נגיף זיקה ביתושים . שאלה 21 : א. חולה הגיע למעבדה עם תסמינים קליניים של מחלת השפעת איך תפעלו כדי לבסס את האבחנה ( איזה דגימות תיקחו ואילו בדיקות תבצעו על הדגימות) . ב. אישה הרה הגיעה למרפאה ודיווחה כי הגננת של בנה בן השלוש סיפרה כי מספר ילדים בגן חולים באבעבועות רוח. האישה אינה זוכרת אם חלתה בילדותה . כיצד תפעלו כדי להגן עליה מפני הדבקה אפשרית של העובר בעקבות חשיפתה האפשרית לנגיף .