החוקה קובעת כי הנשיא הוא המפקד העליון של הצבא, אך שום נשיא אמריקני לא שימש בתפקיד זה באופן פעיל, בעת גיוס כללי ומלחמה רצופה, במשך כל תקופת כהונתו, כפי שעשה לינקולן.
לינקולן פתח את הקדנציה שלו בצעדי פייסנות ופשרנות כלפי מדינות הדרום הפורשות, צעדים שציירוהו כהססן וכטירון בענייני המדינה – כפי שאכן היה. הוא הבטיח למדינות הפורשות ערבות חוקתית למשטריהן, ובלבד שישובו לברית; הוא כשל בהעברת אספקה – לא כל שכן, ציוד צבאי וחיילים – למתחמי צבא פדרליים בדרום, וחיילי הברית שם נאלצו להיכנע או להתפנות; הוא גייס צבא, אך לא במימדים הגדולים שדרשו כל קצוות דעת-הקהל הצפונית, מדמוקרטים עד רפובליקנים; צבא זה ישב באפס-מעשה חודשים ארוכים, להוציא נסיונות פלישה כושלים לדרום, שהסתיימו בתבוסות, אך לינקולן חשש לפטר את מפקדו הפופולרי של צבא זה, גנרל מק'ללן (McClellan); הסטוריונים אומרים כי לו נרצח ב-1861, היה לינקולן מצטייר כנשיא חלש, שכשל בנסיונו לשמור על הברית, ואולי כנשיא האחרון של הברית.
אך לינקולן נטל חלק מרכזי בגיוסה הצבאי והכלכלי של האומה; הוא נקט צעד צבאי רדיקלי, שבו-בזמן היווה את הרציונל האידיאי והמוסרי העליון של המלחמה: שחרור העבדים; הוא יכול היה לדכא את חופש הביטוי, את העיתונות ואת האופוזיציה, בנימוק של מצב חירום, אך נמנע מכך; ולבסוף, לאחר מלחמה טוטאלית ואכזרית, ניסה לינקולן להתחיל בתהליך שיקום מרפא ולא נוקמני, שבסיומו תוּשַב הברית על כנה "בלי איבה לאיש; בחמלה כלפי הכל", כדבריו בנאום ההשבעה השני, במארס 1865, חודש לפני הירצחו.
אדון במספר היבטים מרכזיים בתפקידו של לינקולן במלחמת האזרחים: – במסגרת תפקידו כמפקד העליון של הכוחות המזויינים, החליט לינקולן לבצע מעבר אסטרטגי, ממלחמה מוגבלת למלחמה טוטאלית; – לשחרור העבדים היה חלק מכריע במעבר אסטרטגי זה, וגם בכך אדון; – נאמן למחויבותו לחוקה, נדרש לינקולן לאפשר חופש ביטוי, אך היבטים מסוימים של מעבר חפשי של המידע, התנגשו עם אינטרסים של הממשל.
אדון בהתמודדות הממשל עם סתירה זו; – כבר בשלבים המוקדמים של המלחמה, נכבשו חלקים ממספר מדינות פורשות. הממשל ניסה להשיב מדינות אלו לברית, למרות שנכבשו רק בחלקן. אדון במאמציו של לינקולן להתוות מדיניות שיקום, או, ליתר דיוק – להימנע ממדיניות אחידה, ולשמור על גמישות מירבית בסוגיה; אסיים בדיון בשינוי הרדיקלי שעבר תפקידו של הנשיא בעת מלחמת האזרחים. הפרשנות שנתן לינקולן לתפקיד הנשיאות, כללה הרחבת הסמכויות הנשיאותיות, עד כדי הגדרתן מחדש ועיצוב משרה רבת-עוצמה, באופן חסר-תקדים בהסטוריה של הברית.