התהליך האוטופאג'י (Autophagy) הינו תהליך חשוב לפירוק ומיחזור של חלבונים ארוכי חיים ואורגנלות ציטופלסמטיות באאוקריוטים, הוא משמש לדיפרנציאציה והתפתחות ושינויי רקמות. התהליך  הינו חלק חיוני ברגולציה ובשמירה על הומיאוסטסיס בתא וכן פעיל בתגובה לעקה מגירויים חוץ ותוך-תאיים, כולל פגיעות ראש, הרעבה לנוטריינטים, טיפול הורמונלי, הדבקה ע"י פתוגנים, אגרגטים או חלבונים פגועים ואורגנלות פגועות.
במצבים אלה יש ביטוי מוגבר של התהליך ופירוק האורגנלות והחלבונים מאפשר זמינות חומצות אמינו ונוטריינטים  המשמשים לסינטזה של חלבונים חיוניים להישרדות. בתנאי עקה קשים התהליך יכול לשמש להתאבדות של התא ולכן התהליך נקרא גם מוות תאי מסוג II בעוד שאפופטוזיס נקרא מוות תאי מסוג I.
בניגוד לאפופטוזיס, בתהליך האוטופאג'י התא מפרק את עצמו ע"י המערכות שלו ולא נעזר בתאים שמסביבו או בפאגוציטים לטיפול בשאריות של עצמו.