גנטיקה ב כולל הערות מנחה

תקציר העבודה

ממ"ן
1 1 בקורס גנטיקה ב – ציון
8 6
שאלה
1 :
א.      Paired-end-read הם זוגות של רצפי קריאה מקצוות מנוגדים של שני קונטיגי רצף המשמשים לחיבור של שני קונטיגיהרצף לפיגום יחיד מסודר ומכוון בכיוון מוגדר.
ב.      נצפה להבדלים גנומיים ברורים בין שני הזנים-
שאלה
2 :
א.      קונטיג הוא רצף של רצפי קריאה חופפים בגנום המורכבים לרצף יחיד. כאשר מרציפים גנום שלם בשיטת "ירייה באפילה" משתמשים בחפיפות הייחודיות בין רצפי הקריאה שהתקבלו לשם יצירה של רצפים יחידים הנקראים קונטיגים.
גישה זו לא הגיונית. לאחר שמתקבלים קונטיגים רבים עלינו למצוא דרך לקשר ביניהם וכך ליצור טיוטת רצף שלהגנום השלם. במקרה המתואר כאן שני הקונטיגים החשודים כסמוכים זה לזה מופרדים ככל הנראה ע"י DNA חוזר ונשנה.
באמצעות שימוש ברצפי קצה כתחלים…
שאלה
3 :
רצפי DNA שרגישים לעיכול באמצעות DNase הם רצפיםשנמצאים באזורים בהם הכרומטין בעל [u1] מבנה פחות דחוס וכתוצאה מכך ה-DNAנחשף והופך לנגיש יותר. רצפים ב-DNA שחשוב שיהיו נגישים הם רצפי בקרה אליהם נקשרים אקטיבטורים/רפרסורים ומבקריםתעתוק של גנים. מכאן אני מסיקה שתפקידו של הרצף השני הוא תפקיד של בקרה. מאחר ולגן בקרה אין תוצר חלבוני כדי לבדוק את ההשערה שלי שאכן מדובר ברצף בקרה אשתמש בגן מדווח. אל גן הבקרה נקשור גן מדווח, במקום הגן המופעל על ידי גן הבקרה. גן מדווח פלורוסנטי ייצור אור כאשר גן הבקרה פועל.
שאלה
4 :
Linkage Disequilibrium הוא ביטוי להתפלגות של אללים. LD גבוה מעיד על תאחיזה בין שני סמנים מולקולאריים או תאחיזה בין סמן מולקולארי ו-QTL. ערך LD נמוך מעיד על התפלגות רנדומאלית-
 [u1]בחיידקים אין כרומטין ההבדלים ברגישות לדנ"אז כנראה נובעת מהעובדה שהרצף שהוא ORF קשור לחלבוני תעתוק רבים שמגינים עליו. ולכן הרצף השני הוא רצף בקרה.
-3